为促进中国医学科学技术进步，推动医疗卫生事业发展，经国家科技部批准，吴阶平医学基金会于2007年正式设立吴阶平医学奖，授予在我国医药卫生领域做出突出贡献、取得显著成就的医学科学家。
吴阶平医学奖的设立是国家科学技术奖励的有益补充，为我国医疗卫生行业增加了一个主要奖励个人的高级别奖项。
吴阶平医学奖评审委员会由我国著名医学专家、学者组成，评审委员会主席由第十二届全国政协副主席、中国科学技术协会名誉主席、中国科学院院士韩启德担任，吴阶平医学奖候选人由具有提名资格者提名产生，评审工作坚持公开、公平、公正原则，每年评选1次，每次评选出2名获奖者，颁发荣誉证书、金质奖章和50万元人民币奖金。
吴阶平医学奖的设立对于弘扬以吴阶平院士为代表的老一辈医务工作者的高尚品德和为祖国医学事业进步的奉献精神，激励广大医学科学家勇攀医学科学技术高峰，不断提高临床医疗服务和管理水平，为我国医药卫生事业的发展作出重要贡献。
截至2023年，吴阶平医学奖共评选出获奖者26名。
