为弘扬吴阶平院士的高尚医德和治学精神,2012年吴阶平医学基金会增设吴阶平医药创新奖。
吴阶平医药创新奖奖励年龄在59周岁以下,在医学、药学研究和应用领域取得重要创新性成就的优秀中青年医药工作者。激励广大中青年医药工作者勇于探索、敢于怀疑、敢于突破,始终保持强烈的创新意识和创造激情,在科研实践中尽情施展才华、大有作为。
吴阶平医药创新奖每年评选1次,每次评选出4-6名获奖者,颁发荣誉证书、金质奖章和20万元人民币奖金。
截至2023年,共有54名医学专家荣获吴阶平医药创新奖,先后有13名获奖者分别当选中国科学院院士或中国工程院院士。