由于洪水中混有人畜尸体、粪便等，而且该国正经历高温天气，蚊蝇大量滋生，灾民当中已出现了高烧、腹泻等大量病例。联合国卫生组织和联合国难民署均担心由水质严重污染导致的霍乱、疟疾等大规模恶性传染病迅速蔓延。

伊斯兰堡的一位卫生官员伊克巴尔博士称：“我们备有不少防治霍乱、疟疾和猩红热等疾病的药片，但可悲的是，普通民众还不知道大规模的传染病正在向他们袭来。”他说：“我们已派出30名医务工作者在伊斯兰堡和拉瓦尔品第走街串巷，尤其要告诉他们一定要使用饮用水过滤器，避免发生大规模瘟疫。”

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